基本上在同類療法將近200年的歷史中，因為其極度稀釋的用藥法則，因此沒有任何經過證實的副作用報告，美國國家健康局 (NIH) 官方網站的FAQ裡也明白揭示這個結論。但是在臨床過程中我們會觀察到過往症狀短暫升高的反應，自然療法中我們稱此副作用為好轉反應。此反應是使用能量共振療法、中藥及某些健康食品，剛開始常見的現象。由於身體開始接受訊息後，會刺激中樞神經、自律神經、免疫機能、荷爾蒙等系統慢慢增加氣血之循環，所以那是為使身體機能恢復健康過程中所出現的正常反應。在中醫或東方醫學裡，稱之為「瞑眩」，即指症狀有暫時性升高的現象，此反應是復原的前兆，並非是副作用，不過為避免跟其他病症或急性感染混淆，有類似反應發生時還是請專業醫師幫助卻認為佳。

下面提供好轉反應的三個理由：

a. 因治療使得體內的有害物質開始排泄，所以身體因為這些有害物質，而產生暫時性變化。

b. 因治療使得身體由生病時的不均衡情況，轉變成健康時的均衡狀況，所以產生若干紊亂。

c. 因治療使得身體機能變的正常，調整改善了「不良的部份」，所以這種症狀的出現是暫時性的。